どうやらCertbotが原因らしい

Let's Encryptとインストールで使っているCertbotは別の扱いの様なのでページを開いてみると
同じメッセージでスレッドができていた。

Unfortunately, Let's Encrypt has stopped offering the mechanism that Certbot's Apache and Nginx plugins use to prove you control a domain due to a security issue. See https://community.letsencrypt.org/t/2018-01-11-update-regarding-acme-tls-sni-and-shared-hosting-infrastructure/50188 for more info.

CertbotのApacheとNginxのプラグインにセキュリティの問題がありLet's Encrypt側で停止しているらしい。

We are planning on releasing a new version of Certbot in the next few days that works around this but if you have to obtain/renew your cert and cannot wait, you have a couple of options. If you're serving files for that domain out of a directory on that server, you can run the following command:

近いうちに修正版をリリースするが急ぐなら次のコマンドをつかうこと。

sudo certbot --authenticator webroot --installer nginx

これはnginxサーバーの場合ですね。
この他に沢山のコメントが付いていて読み切れない。

今日はここまで。